微生物菌种在培养或保藏过程中，由于自发突变的存在，出现某些原有优良性状的劣化、遗传标记的丢失等现象，称为菌种衰退。菌种衰退不是突然发生的，而是从量变到质变的逐步演变过程。菌种衰退的主要原因是有关基因的负突变。合理的育种、选用合适的培养基、创造良好的培养条件、采用有效的菌种保藏方法等可以有效的防止菌种的退化。
常用的菌种保藏方法有斜面低温保藏法、液体石蜡保藏法、滤纸保藏法、沙土保藏法、液氮冷冻保藏法、冷冻干燥保藏法。
菌种衰退不是突然发生的，而是从量变到质变的逐步演变过程。开始时，在群体细胞中仅有个别细胞发生自发突变(一般均为负变)，不会使群体菌株性能发生改变。经过连续传代，群体中的负变个体达到一定数量，发展成为优势群体，从而使整个群体表现为严重的衰退。
产生菌种衰退的原因是什么？
菌种衰退的主要原因是有关基因的负突变。如果控制产量的基因发生负突变，则表现为产量下降；如果控制孢子生成的基因发生负突变，则产生孢子的能力下降。菌种在移种传代过程中会发生自发突变。虽然自发突变的几率很低(一般为10-6~10-9)，尤其是对于某一特定基因来说，突变频率更低。但是由于微生物具有*的代谢繁殖能力，随着传代次数增加，微生物菌种衰退细胞的数目就会不断增加，在数量上逐渐占优势，zui终成为一株衰退了的菌株。
表型延迟造成菌种衰退
表型延迟现象也会造成菌种衰退。如，在诱变育种过程中，经常会发现某菌株初筛时产量较高，进行复筛时产量却下降了。
质粒脱落导致菌种衰退
质粒脱落导致菌种衰退的情况在抗生素中较多，不少抗生素的合成是受质粒控制的。当菌株细胞由于自发突变或外界条件影响(如高温)，致使控制产量的质粒脱落或者核内DNA和质粒复制不一致，即DNA复制速度超过质粒，经多次传代后，某些细胞中就不具有对产量起决定作用的质粒，这类细胞数量不断提高达到优势，则微生物菌种表现为衰退。