PCR和直接测序手段的结合，可使基因扩增和测序在同一体系中进行。后，采用荧光标记的终止碱
基或测序引物以完成完整的测序自动化。于终止碱基的引入,突变的碱基不会被不断扩增，因此该方法
的一个很大的优势是防止了PCR导致的突变。
RNA-seq即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。
在过去的十年中，RNA-Seq技术迅速发展，并成为了在转录组水平上分析差异基因表达/mRNA可变剪切的*的工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-Seq技术应用范围变得更加广泛：一是在RNA生物学领域，RNA-Seq可以应用于单细胞基因表达/蛋白质表达/RNA结构的分析；二是空间转录组的概念也逐渐兴起。长读长/直接RNA-Seq技术以及更好的数据分析计算工具有助于生物学家们利用RNA-seq加深对RNA生物学的理解——例如转录何时何地开始；体内折叠和分子间作用如何影响RNA功能等问题。
