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Xdrop 是一种多功能且用户友好的仪器,用于制备活的哺乳动物或微生物细胞、细胞器、DNA 或其他生物材料以进行高分辨率下游分析。
使用我们的Xdrop 试剂盒,Xdrop 安全快速地将活细胞、细胞器或 DNA 片段连同测定化学物质一起封装在高度稳定的皮升体积双乳化液滴中。这些液滴通过移液、涡旋、孵育、流式细胞术、分选,甚至长期储存都很稳定。更重要的是,可以从液滴中回收细胞进行扩增。
与适当的分析技术一起,Xdrop 应用包括:
• 人体免疫细胞、NK细胞
• 微生物细胞的酶分泌
• 哺乳动物细胞分泌细胞因子
• 验证基因编辑,包括评估意外的在靶和脱靶重排
借助 Xdrop,研究人员可以更轻松地深入了解人类、动物、植物和微生物的细胞功能和基因组学。Xdrop 还可以为其他工作流程生成单乳液液滴,包括封装 DNA 以进行无偏差的全基因组扩增。 我们提供 Xdrop 所需的全套试剂、试剂盒和附件。此外,用户培训是我们标准 Xdrop 安装服务的一部分。
优势
• Xdrop 可以将活的哺乳动物或微生物细胞包裹在高度稳定的双乳液滴中,用于功能测定、孵育、表型分析和筛选。
• Xdrop 帮助 回答工程细胞和基因治疗研究中的关键问题。
• Xdrop 支持分子工程工作流程,包括酶进化和途径工程。
• Xdrop 具有用户友好的界面和较小的占地面积,使每个分子生物学实验室都能使用微流体的强大功能。
双层乳化试剂盒
所有试剂都包含在试剂盒内,每次操作能封装数百万个细胞或分子。
应用实例:
1、全基因组的准确扩增
事实上,99%的靶基因组不止一次被文库的测序读取所覆盖。
使用 Xdrop™ dMDA 技术扩增基因,即使在输入量低至 1 pg 时也能保真准确的扩增全部基因。
2、基因定相Phasing
CYP2D6*7等位基因包含1个单核苷酸多态性(SNP),而CYP2D6*25A包含22个SNP。
Xdrop技术能够准确测出所有 23 种变体,包括Phasing(见下图)。
Xdrop™通过简单的设计和长DNA片段(~100 kb)的间接序列捕获为应用提供支持。结合长读长测序,Xdrop™克服了在单个遗传异质样品中基因定相的困难。
富集的高保真度能够检测等位基因中的一个或多个SNP,并使从头组装能够解决结构变化。
3、监测基因复杂的结构变化
对跨越断点的读数的详细分析显示,在8号染色体上的区域中存在多个HPV18整合位点。PacBio、Oxford Nanopore和Illumina数据集支持已识别的整合位点。
Xdrop®技术是一种新的靶向DNA富集方法,其可取之处在于可以选择、富集和测序天然DNA片段。这允许富集大的基因组部分(约100kb),包括未知区域。使用Xdrop®方法生成的长片段不仅适用于长读测序,还可以为短读测序提供有价值的上下文信息。
4、对未知的感兴趣区域(ROI)的测序
PCR和基于探针的靶向DNA富集方法需要密集的设计优化和完整的感兴趣区域(ROI)知识。这些传统方法在表征复杂的基因组环境(例如重复区域、结构变异、富含GC的区域)以及未知和重排的区域方面也失败。为了克服这些限制,Samplix开发了一种新的微流体方法,即基于间接序列捕获的Xdrop®富集工作流。
Xdrop®可以富集需要在检测序列上设计单个引物对的长(~100 kb)靶DNA区域,对应于ROI的一小部分或侧翼区域。该扩增子专门用于检测、选择和富集全长ROI,最终进行捕获和测序。
使用Xdrop®技术解决这些挑战性区域的能力为解决许多其他挑战性区域打开了大门,这些区域可能代表了很大比例的基因组。将Xdrop®富集与长读和短读测序技术相结合,可以提供所需的高分辨率,以快速且经济的方式解决复杂的基因组场景,绕过全基因组测序。
5、识别和确认CRISPR基因编辑操作
通过简单的设计和长DNA片段的间接序列捕获,Xdrop有助于识别通常难以找到且成本高昂的转基因插入位点。
构建体中的随机整合和宿主基因组序列的存在使整合位点鉴定变得复杂。 Xdrop使验证基因组工程变得简单明了。