circRNA高通量测序实验概述

环状RNA（circRNA）高通量测序是一种专门用于检测和分析细胞中circRNA表达谱的技术。circRNAs是一类特殊的非编码RNA分子，它们通过反向剪接形成闭环结构，这种结构使它们在细胞中相对稳定，不易被核酸酶降解。circRNAs在多种生物学过程中发挥作用，包括作为miRNA海绵、调控基因表达等，因此，对它们的研究对于理解细胞功能和疾病机制具有重要意义。

circRNA高通量测序实验流程

circRNA高通量测序的实验流程通常包括RNA提取、circRNA富集、cDNA合成、文库构建和高通量测序。由于circRNAs缺乏poly(A)尾部，传统的基于oligo dT的mRNA富集方法不适用于circRNA，因此需要采用特定的富集策略，如使用RNase R消化去除线性RNA，保留环状结构。文库构建则需要设计特定的引物和连接酶，以适应circRNA的闭合结构。测序平台可以是Illumina的短读测序，也可以是PacBio或Oxford Nanopore的长读测序，后者能够提供更长的读取长度，有助于识别完整的circRNA分子.

circRNA高通量测序的应用

circRNA高通量测序技术在基础生物学研究和临床研究中的应用日益增多。它可以用于鉴定新的circRNA分子、分析circRNA的表达模式、研究circRNA与其他分子的相互作用，以及探索circRNA在疾病发生和发展中的作用。例如，通过比较疾病组织和正常组织中的circRNA表达谱，研究者可以发现与特定疾病相关的circRNA，这些circRNA可能作为疾病的生物标志物或治疗靶点.

最新研究进展

最新的研究进展显示，研究者们正在开发新的circRNA测序技术和分析工具，以提高检测的灵敏度和准确性。例如，有研究提出了基于滚动圆形反转录和纳米孔长读测序的全长度circRNA测序方法（circFL-seq），这种方法能够更有效地识别和定量普通和融合型circRNA的全长异构体。此外，还有研究开发了使用group II intron RT进行rolling circle reverse transcription的circRNA测序工作流（IMCR-seq），这种方法适用于多种物种，并且能够处理低输入总量的RNA样本，这对于临床样本尤其有用。

综上所述，circRNA高通量测序技术正处于快速发展阶段，新的技术和分析方法的出现将大大推动circRNA研究的深度和广度。