为了创建环境友好型社会，我国越来越重视节能减排，很多企业都因为环保标准的提高而不得不退出市场。所以，药厂净化车间企业也开始从节能的角度来进行创新，使医药企业的制造活动更加节能。药厂净化车间的创新可以从工艺和布局等方面着手。
设计合适的车间型式现代药厂洁净厂房以建造单层大框架正方形大面积厂房最佳。其显著优点是外墙面积最小、能耗低，可节约建筑、冷热负荷的投资和设备运转费用。另外，可控制和减少窗墙比，加强门窗构造的气密性。此外，在有高温差的洁净室设置隔热层，围护结构采用隔热性能和气密性好的材料及构造，建筑外墙内侧采用保温或夹芯保温复合墙板。
在湿度控制房间设置有良好防潮性能的密封室：这些措施均能达到节能的目的。减少洁净空间体积洁净空间的减少，意味着风量比、换气次数、送风动力消耗都随之降低。洁净室每平方米耗能是普通空调办公楼的10~30倍。若减少洁净体积30％，可节能25％。又由于1万级洁净区电耗是10万级的2.5倍。
因此，企业应按不同的空气洁净度等级要求分别集中布置，尽最大努力减少洁净室特别是高级别洁净室的面积，同时，应使洁净度要求高的洁净室尽量靠近空调机房，以减少管线长度，降低能量损耗。减少洁净空间体积的实用技术之一是建立洁净隧道或隧道式洁净室，其可以满足生产对高洁净度环境和节能的双重要求，使洁净工艺区空间缩小到低限度，风量大大减少。
另外，还可采用洁净隧道层流罩装置，以抵抗洁净度低的操作区对洁净度高的工艺区可能存在的干扰与污染。在同样的总风量下，可以扩大罩前洁净截面积5~6倍。同时，还可通过洁净小室、洁净工作台、自净器、微环境等形式，如带层流装置的称量工作台以及带层流装置的灌封机等，实行局部气流保护，以维持该区域的高洁净级别要求，且减少洁净空间体积。
降低洁净室污染值降低洁净室的污染值也有利于GMP药厂净化车间的节能。洁净室空气的主要污染源不是人，而是新型建筑装饰材料、清洁剂、粘接剂、办公用品等。因此，使用低污染值的绿色环保材料可使GMP药厂净化车间的污染状态很低，这也是减少新风负荷，降低能耗的很好的途径。
