离子交换色谱是指离子交换色谱中的固定相中的一些带电荷的基团，这些带电基团通过静电相互作用与带相反电荷的离子结合。如果流动相中存在其他带相反电荷的离子，按照质量作用定律，这些离子将与结合在固定相上的反离子进行交换。
离子交换色谱柱采用薄膜无孔核颗粒，能以高分离度和柱效分离蛋白变体，解析仅有单个带电荷残基差异的异构体。
分离原理：
使用表面有离子交换基团的离子交换剂作为固定相。带负电荷的交换基团（如磺酸基和羧酸基）可以用于阳离子的分离；带正电荷的交换基团（如季胺盐）可以用于阴离子的分离。不同离子与交换基的作用力大小不同，在树脂中的保留时间长短不同，从而被相互分离。
离子交换色谱柱的优点是：
1、具有开放性支持骨架，大分子可以自由进入和迅速扩散，故吸附容量大。
2、具有亲水性，对大分子的吸附不大牢固，用温和条件使可以洗脱，不致引起蛋白质变性或酶的失活。
3、多孔性，表面积大、交换容量大，回收率高，可用于分离和制备。
