离子交换色谱柱是指离子交换色谱中的固定相中的一些带电荷的基团，这些带电基团通过静电相互作用与带相反电荷的离子结合。
离子色谱柱是离子色谱系统的心脏，只有性能优良的色谱柱才能达到良好的分离效果，这对色谱柱材料，填充料（交换树脂）、柱尺寸、装柱技术等均有一定的要求。柱两端均有微孔筛板以防试料或洗脱液中的细微颗粒进入柱中，影响柱中树脂的渗透性。
优点：
1、具有开放性支持骨架，大分子可以自由进入和迅速扩散，故吸附容量大。
2、具有亲水性，对大分子的吸附不大牢固，用温和条件使可以洗脱，不致引起蛋白质变性或酶的失活。
3、多孔性，表面积大、交换容量大，回收率高，可用于分离和制备。
离子交换色谱通常选用粗短柱，即高径比小的色谱柱。典型的离子交换柱高度在5~20cm，高径比一般小于5。如果需要增加离子交换剂的体积，只能从增加柱的直径而不能增加其高度。如果是连续梯度洗脱，可以适当增加柱的长度。
