对蛋白质水解液及各种游离氨基酸的组分含量进行分析。氨基酸分析仪器基本结构同普通HPLC相似， 采用经典的阳离子交换色谱分离、茚三酮柱后衍生法。但针对氨基酸分析进行了细节优化（例如氮气维护、惰性管路、线脱气、洗脱梯度及柱温梯度控制等等）。
速度较快，通常细分为两种系统：蛋白水解分析系统（钠盐系统）和游离氨基酸分析系统（锂盐系统）利用不同浓度和pH值的柠檬酸钠或柠檬酸锂进行梯度洗脱。其中钠盐系统一次zui多分析约25种氨基酸。基线平直度好；锂盐系统一次zui多分析约50种氨基酸，速度较慢，基线一般不如钠盐系统好。
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