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BE4上的反应器是一个圆柱形玻璃容器，带有用于加热的水套。容器配有挡板和变速搅拌器，用作连续搅拌釜式反应器（CSTR）。
挡板和搅拌器可拆卸，使反应器充满生物球和支撑格栅，从而将装置重新配置为填充床反应器。
还提供了一个带有导流板和三相分离器的替代反应器盖，使得反应器也可以配置为上流式厌氧污泥床反应器（UASB）。
反应器的进料由变速蠕动泵提供。反应器盖上装有取样站，该取样站包括仪器探头端口（温度和pH值），并允许在不同深度从反应器中采集液体样本。
反应器温度由循环水系统控制，控制方式与BE3相同，并使用相同的收集和测量排放气体的新型系统。同样，pH加药系统在概念上是相同的，可以使用数据记录器在电脑上记录数据。
