蛋白质亚细胞定位系统的生物分子质谱成像（MSI）技术已成功用于直接分析生物组织切片．不仅避免了繁琐的样品提取、纯化和分离步骤，而且能够获取生物组织中蛋白质和多肽表达谱。并绘制二维质谱图像。质谱成像技术不需要预知蛋白的种类，不要要抗体标记，甚至不需要荧光染色，就能鉴定出未知的蛋白质．

目前蛋白质亚细胞定位系统已广泛用于生理和病理组织中蛋白质的表达以及其他分子标志物的发现。这一方法能够使HE染色与质谱成像（MSI）的结果很好地关联起来。

蛋白质是基因功能的主要执行者,对蛋白质功能进行研究是基因组学研究领域的重中之重。然而,每种亚细胞为蛋白质行使特定功能提供了场所,蛋白质只有转运到其相应的的亚细胞中,才能正确的发挥作用,支持生命活动健康有序的进行,否则,将会造成机体功能紊乱,甚至威胁到生命健康。因此,对蛋白质所处的亚细胞位点进行研究预测是研究蛋白质功能的基础,同时也为研究某些疾病的发病机理以及研制针对疾病的新药物提供了研究理论基础。生物信息学和基因组学的快速发展,使实验所得数据库中蛋白质数据以几何方式倍增,研究由原来运用传统方式逐渐开始改用生物信息学的手段进行处理海量数据。而且,由于很多实验数据表明30%以上的蛋白质可以同时位于多个亚细胞位置或者在多个亚细胞间游走,研究也由对蛋白质亚细胞进行单位点预测转变为多位点预测。因此,运用生物信息学的手段进行多位点蛋白质亚细胞定位预测是目前研究的热门方向。采用生物信息学的方法进行多位点蛋白质亚细胞定位预测通常分为四步:一是构建有效的多位点蛋白质数据集;二是对构建的数据集进行全面有效的特征提取;三是分类器的选取,由于多位点蛋白质亚细胞定位预测是一个典型的多标记学习问题,因此选用合适的多标签分类算法是研究预测的关键一步;四是对预测算法的评估,通过预测结果评估分类算法的好坏。