琼脂糖凝胶是以琼脂糖为支持介质制备的凝胶。琼脂糖分为一般琼脂糖和经化学修饰后熔点降低的低熔点琼脂糖，琼脂糖的熔点在62-65°C之间，融化后在37°C下可维持液态数小时，30°C时凝固成胶。多用于对染色体DNA在凝胶内进行原位酶切及DNA的片段回收。琼脂糖凝胶 由于孔径大常用于大分子蛋白质、DNA的分离。
琼脂糖是由琼脂分离制备的链状多糖，其结构单元是D-半乳糖和3.6-脱水L半乳糖。许多琼脂糖链依氢键及其它力的作用使其互相盘绕形成绳状琼脂糖束，构成大网孔型凝胶。因此该凝胶适合于免疫复合物、核酸与核蛋白的分离、鉴定及纯化。在临床生化检验中常用于LDH、CK等同工酶的检测。
琼脂糖凝胶电泳仪的使用步骤：
1、用蒸馏水将制胶工具洗干净，准备好制胶平板，用琼脂将模具边缘封闭， 架好梳子；
2、根据要分离的样品大小配制合适浓度的琼脂糖凝胶。准确的称取一定量的琼脂糖干粉，加入到合适体积的锥形瓶中，加入一定量的电泳缓冲液，放入到微波炉内加热融化，冷却片刻；
3、融化后的琼脂溶液摇晃混匀，倒入电泳槽中，等其凝固；
4、室温下凝固30-40min左右，小心的拔出梳子，取出凝固好的凝胶放入电泳槽内，准备上样；
5、在电泳槽中倒入电泳缓冲液，没过胶面1mm左右，去除胶孔内的气泡；
6、上样，5ulDNA样品加入1ul上样缓冲液和染料，用抢混匀后加入到凝胶孔内；
7、上样结束，接通电源，红色正极，黑色负极， DNA样品有负极往正极运动，加样孔侧为负，40-50v电压，电压30敏左右即可；
8、电压结束，关闭电源，凝胶成像仪上观察电压位置并比对marker判断大小。
