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含荧光蛋白的载体可作为转染标记来转染细胞，以进行活细胞标记。其不含MCS。在这些载体中，荧光蛋白可以持续表达，并且可以被荧光显微镜或流式细胞检测到，因此可以提供可观的转染/共转染或移植实验后对细胞的监控的证据。
转染的细胞也可用于需要全细胞荧光标记的实验。常用的荧光蛋白是绿色荧光蛋白（GFP），和红色荧光蛋白（RFP）。 GFP和RFP均是监控生理过程通用的生物标记，将蛋白定位可视化，且检测体内转化的基因的表达，GFP可被488nm激光激发，且510nm处为比较合适检测点。RFP可在488nm或532nm激发，且588nm处为比较合适的检测点。
