显微成像扫描透射电子显微镜（scanning transmission electron microscopy，STEM)既有透射电子显微镜又有扫描电子显微镜的显微镜。STEM用于电子束在样品的表面扫描，透过电子穿透样品成像。

优势有：可观察较厚和低衬度的试样。可实现微区衍射。利用后接能量分析器的方法可以分别收集和处理弹性散射和非弹性散射电子。可进行高分辨分析、成像及生物大分子分析。 

工作原理：

STEM成像不同于一般的平行电子束TEM， EDS 成像，它是利用会聚的电子束在样品上扫描来完成的。在扫描模式下，场发射电子源发射出电子，通过在样品前磁透镜以及光阑把电子束会聚成原子尺度的束斑。电子束斑聚焦在试样表面后，通过线圈控制逐点扫描样品的一个区域。在每扫描一点的同时，样品下面的探测器同步接收被散射的电子。对应于每个扫描位置的探测器接收到的信号转换成电流强度显示在荧光屏或计算机显示器上。样品上的每一点与所产生的像点一一对应。从探测器中间孔洞通过的电子可以利用明场探测器形成一般高分辨的 明场像。环形探测器接受的电子形成暗场像。